Il 20 dicembre 1577 un devastante incendio coinvolge la Sala dello Scrutinio e la Sala del Maggior Consiglio, distruggendo irrimediabilmente i dipinti che le decoravano: si tratta di opere di artisti tra cui Gentile da Fabriano, Pisanello, Alvise Vivarini, Carpaccio, Bellini, Pordenone, Tiziano. Si procede velocemente a un restauro delle strutture dell’edificio, che conserva l’aspetto originale, che si conclude tra il 1579 e il 1580 quando è doge Niccolò da Ponte.
Già nel 1483 un grosso incendio era divampato nel lato del palazzo affacciato sul canale, che ospita l’Appartamento del Doge. Si erano resi necessari importanti lavori, affidati ad Antonio Rizzo, che aveva introdotto nel Palazzo il nuovo linguaggio della Rinascenza. Era stato costruito su questo versante un edificio nuovo, con un corpo di fabbrica lungo il Rio, dal Ponte della Canonica al Ponte della Paglia. I lavori negli appartamenti ducali si erano conclusi nel 1510.
Le funzioni del Palazzo Ducale, simbolo e cuore della vita politica e amministrativa lungo tutto l’arco della millenaria storia della Repubblica di Venezia, cambiano a partire dal 1797, anno della caduta della Serenissima cade. Da allora si succedono nella città lagunare la dominazione francese e quella austriaca, fino all’annessione all’Italia, nel 1866. In questo periodo il palazzo diventa sede di diversi uffici, oltre a ospitare per quasi un secolo (dal 1811 al 1904) la Biblioteca Nazionale Marciana e altre importanti istituzioni culturali della città.
A fine Ottocento, l’edificio piuttosto degradato viene sottoposto a un radicale restauro. Al suo interno vengono ospitati alcuni istituti, tra i quali l’Ufficio statale per la tutela dei monumenti (che ancor oggi vi risiede) e la Soprintendenza per i Beni Ambientali e Architettonici di Venezia e Laguna. Nel dicembre del 1923 lo Stato, proprietario dell’edificio, affida al Comune di Venezia la gestione del palazzo, aperto al pubblico come museo. Dal 1996 Palazzo Ducale è a tutti gli effetti parte del sistema dei Musei Civici di Venezia.
