Il suo vero nome è Juan Ciudad ed è originario di Montemor-o-novo, un piccolo centro nei pressi di Evora, in Portogallo. Nato l’8 marzo 1495, all’età di otto anni scappa di casa e sosta ad Oropesa nella Nuova Castiglia. Qui la gente, non sapendo nulla di lui, neppure il cognome, inizia a chiamarlo Giovanni di Dio.E tale rimane in suo nome il suo nome, per sempre.
Sino a 27 anni Giovanni di Dio fa il pastore e il contadino, poi si arruola tra i soldati di ventura. Nella celebre battaglia di Pavia tra Carlo V e Francesco I, si ritrova nello schieramento vincitore, cioè dalla parte di Carlo V. Più tardi partecipa alla difesa di Vienna stretta d’assedio dall’ottomano Solimano II. Una volta terminata la parentesi militaresca, continua a vagare per mezza Europa, finendo poi in Africa a fare il bracciante. Per qualche tempo è anche venditore di paccottaglie a Gibilterra, sino a quando decide di stabilirsi a Granata dove apre una piccola libreria. Ed è in quel periodo che muta radicalmente la sua vita. Dopo aver ascoltato una predica di Giovanni d’Avila, decide di abbandonare tutto, vendere libri, negozio. Si priva anche delle scarpe e del vestito, per andare a mendicare nelle strade di Granata, rivolgendo ai passanti la frase che sarebbe divenuta l’emblema di una nuova benemerita istituzione: “Fate (del) bene, fratelli, a voi stessi”.
La gente, però, confonde il suo gesto di carità per follia e le autorità decidono di rinchiuderlo in manicomio. La traumatica esperienza gli è di fatto salutare; pur non avendo studiato medicina, si rende conto della colpevole ignoranza di quanti pretendono di curare le malattie mentali con metodi degni di un torturatore. Appena può liberarsi da quell’inferno, fonda, con l’aiuto di benefattori, un suo ospedale dove poter curare i malati, anticipando di ben quattro secoli il metodo psicoanalitico. La cura dello spirito diviene la premessa per una proficua cura del corpo. Il suo motto viene attuato dai Fratelli Ospedalieri, chiamati appunto “Fatebenefratelli”. L’Ordine da lui fondato è tuttora operante in varie parti del mondo.
Giovanni muore a soli cinquantacinque anni, l’8 marzo 1550, nel giorno del suo cinquantacinquesimo compleanno. Viene canonizzato nel 1690: Leone XIII lo dichiara patrono degli ospedali e di quanti operano per restituire la salute agli infermi.