Giovanni della Croce, al secolo Juan de Yepes Álvarez, nasce a Fontiveros vicino ad Ávila, un borgo della Vecchia Castiglia spagnola, nel 1542. Il padre Gonzalo de Yepes, nobile toledano, era stato cacciato di casa e diseredato per aver sposato una povera tessitrice di seta, Catalina Álvarez. Orfano di padre già in tenera età, si trova a doversi spostare di città in città con la laboriosa e attiva madre per il loro sostentamento economico, dovendo quindi studiare e lavorare in luoghi sempre diversi. Giovanni manifesta fin da piccolo inclinazione alla carità verso i poveri e ancora di più verso la preghiera contemplativa.
Nel 1563 entra nell’Ordine Carmelitano chiedendo di vivere senza attenuazioni la rigida e antica regola carmelitana non più attuata. Dopo il 1568 completa gli studi teologici e filosofici all’Università di Salamanca, ma già un anno prima viene ordinato sacerdote. Tra settembre e ottobre del 1567 incontra Teresa d’Avila che sta attuando una riforma del Carmelo con l’autorizzazione del Priore Generale dell’Ordine, padre Rossi. Conquistato dalle sue idee riformatrici ne appoggia in pieno il progetto in vista dell’inizio della riforma dell’ordine dei Carmelitani.
Nel mese di agosto del 1568 parte per Valladolid dove fonda il primo convento di Carmelitane Scalze. Qui rimane fino ad ottobre, informandosi dettagliatamente sulla nuova vita riformata. All’inizio di ottobre va a Duruelo (Segovia), dove adatta un cascinale a primo convento di Carmelitani Scalzi. Il 28 novembre, prima domenica d’Avvento, vi inaugura la vita riformata: in tale occasione assume il nome di Giovanni della Croce. All’interno dell’ordine riformato tra il 1572 e il 1577 svolge attività di guida spirituale nel monastero dell’Incarnazione di Ávila.
Tra le varie sofferenze, fisiche e spirituali, che sperimenta a seguito della sua adesione alla riforma, spicca in particolare l’arresto e la carcerazione, il 2 dicembre 1577, nella prigione del convento dei Carmelitani Calzati di Toledo, per un incidente nel monastero di Ávila di cui viene ritenuto erroneamente responsabile. Rimane rinchiuso per più di otto mesi, sottoposto a maltrattamenti e torture fisiche, psicologiche e spirituali, trovando peraltro l’ispirazione per comporre alcuni dei suoi poemi mistici più noti. Il 17 agosto 1578 riesce a fuggire in modo assai avventuroso.
Dopo il carcere, riprende va a ricoprire incarichi importanti nell’ordine carmelitano riformato che ha acquisito progressivamente autonomia. Nel 1584 termina a Granada la prima redazione del Cantico Spirituale, mentre in questi anni scrive e perfeziona i suoi principali trattati spirituali.
Nell’ultimo periodo della sua vita è abbandonato dalla maggior parte dei suoi seguaci. Nel 1591 è dimesso dagli incarichi direttivi nell’ordine e ammalato, il 28 settembre si reca ad Úbeda (Jaén), dove trascorse gli ultimi mesi di vita. Qui morì alle ore 24 della notte tra il venerdì 13 e il sabato 14 dicembre 1591 all’età di 49 anni. Dal 1593 i suoi resti riposano a Segovia. Venerato dalla Chiesa cattolica e da quella anglicana, è beatificato nel 1675 e canonizzato il 27 dicembre 1726.
Oltre ai suoi trattati di teologia mistica San Giovanni della Croce ci ha lasciato intense ed espressive poesie. Sebbene l’intero corpus della sua opera poetica ammonti a non più di 2500 versi, due di esse – il Cantico spirituale e la Notte oscura dell’anima – sono considerate tra le migliori poesie in lingua spagnola, sia dal punto di vista formale e stilistico, che per l’immaginazione ed il simbolismo.